Gene Similarity

import importlib.metadata as _meta
import sys as _sys
print(f"Python {_sys.version.split()[0]}")
for _pkg in ["mirpy-lib", "numpy", "pandas", "matplotlib", "scipy", "polars"]:
    try:
        print(f"  {_pkg}: {_meta.version(_pkg)}")
    except _meta.PackageNotFoundError:
        pass

import sys
sys.path.insert(0, "..")
import re
import seaborn as sns
import pandas as pd
from numpy import exp
from mir.common import GeneLibrary
from mir.distances import GermlineAligner

Python 3.12.12
  mirpy-lib: 1.1.0
  numpy: 1.26.4
  pandas: 3.0.3
  matplotlib: 3.10.9
  scipy: 1.17.1
  polars: 1.40.1

/Users/mikesh/vcs/mirpy/.venv/lib/python3.12/site-packages/tqdm/auto.py:21: TqdmWarning: IProgress not found. Please update jupyter and ipywidgets. See https://ipywidgets.readthedocs.io/en/stable/user_install.html
  from .autonotebook import tqdm as notebook_tqdm

lib = GeneLibrary.load_default(loci={'TRA', 'TRB'})
print(lib.get_summary())
print(lib.get_loci())

Counter({('human', 'TRA', 'V'): 103, ('human', 'TRB', 'V'): 89, ('human', 'TRA', 'J'): 68, ('human', 'TRB', 'J'): 15, ('human', 'TRB', 'D'): 3})
{'TRB', 'TRA'}

seqs = lib.get_sequences_aa(locus='TRB', gene='V')
print(seqs[0:3])

[('TRBV3-1*02', 'DTAVSQTPKYLVTQMGNDKSIKCEQNLGHDTMYWYKQDSKKFLKIMFSYNNKEIIINETVPNRFSPKSPDKAKLNLHINSLELGDSAVYFCASSQ'), ('TRBV17*01', 'EPGVSQTPRHKVTNMGQEVILRCDPSSGHMFVHWYRQNLRQEMKLLISFQYQNIAVDSGMPKERFTAERPNGTSSTLKIHPAEPRDSAVYLYSSG'), ('TRBV18*01', 'NAGVMQNPRHLVRRRGQEARLRCSPMKGHSHVYWYRQLPEEGLKFMVYLQKENIIDESGMPKERFSAEFPKEGPSILRIQQVVRGDSAAYFCASSP')]

galn = GermlineAligner.from_seqs(seqs)
print(galn.dist)
print(galn.score_norm('TRBV10-1*01', 'TRBV10-1*01'))
print(galn.score_norm('TRBV10-1*01', 'TRBV10-2*01'))

{('TRBV3-1*02', 'TRBV3-1*02'): 503.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV17*01'): 151.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV18*01'): 163.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV16*01'): 168.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV29-1*02'): 84.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV15*03'): 198.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV25-1*01'): 127.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV11-2*02'): 133.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV14*01'): 144.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV23-1*01'): 169.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV12-2*01'): 153.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV10-3*02'): 115.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV15*01'): 196.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV20-1*01'): 76.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV12-5*01'): 190.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV26*01'): 113.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV2*03'): 170.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV12-4*01'): 186.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV10-1*04'): 133.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV24-1*01'): 144.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV11-1*01'): 148.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV15*02'): 196.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV3-1*01'): 477.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV12-1*01'): 123.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV10-2*01'): 144.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV28*01'): 139.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV27*01'): 152.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV19*01'): 157.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV2*01'): 170.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV10-3*01'): 133.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV13*01'): 163.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV29-1*01'): 83.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV10-1*01'): 139.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV11-3*01'): 153.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV1*01'): 291.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV12-4*02'): 187.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV11-2*01'): 138.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV10-1*02'): 137.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV12-3*01'): 184.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV11-2*03'): 138.0, ('TRBV17*01', 'TRBV17*01'): 505.0, ('TRBV17*01', 'TRBV16*01'): 195.0, ('TRBV17*01', 'TRBV15*03'): 110.0, ('TRBV17*01', 'TRBV11-2*02'): 226.0, ('TRBV17*01', 'TRBV14*01'): 230.0, ('TRBV17*01', 'TRBV12-2*01'): 231.0, ('TRBV17*01', 'TRBV10-3*02'): 111.0, ('TRBV17*01', 'TRBV15*01'): 113.0, ('TRBV17*01', 'TRBV12-5*01'): 273.0, ('TRBV17*01', 'TRBV12-4*01'): 266.0, ('TRBV17*01', 'TRBV10-1*04'): 109.0, ('TRBV17*01', 'TRBV11-1*01'): 235.0, ('TRBV17*01', 'TRBV15*02'): 113.0, ('TRBV17*01', 'TRBV12-1*01'): 202.0, ('TRBV17*01', 'TRBV10-2*01'): 114.0, ('TRBV17*01', 'TRBV10-3*01'): 125.0, ('TRBV17*01', 'TRBV13*01'): 129.0, ('TRBV17*01', 'TRBV10-1*01'): 113.0, ('TRBV17*01', 'TRBV11-3*01'): 221.0, ('TRBV17*01', 'TRBV1*01'): 107.0, ('TRBV17*01', 'TRBV12-4*02'): 263.0, ('TRBV17*01', 'TRBV11-2*01'): 231.0, ('TRBV17*01', 'TRBV10-1*02'): 113.0, ('TRBV17*01', 'TRBV12-3*01'): 262.0, ('TRBV17*01', 'TRBV11-2*03'): 231.0, ('TRBV18*01', 'TRBV17*01'): 204.0, ('TRBV18*01', 'TRBV18*01'): 511.0, ('TRBV18*01', 'TRBV16*01'): 268.0, ('TRBV18*01', 'TRBV15*03'): 130.0, ('TRBV18*01', 'TRBV11-2*02'): 205.0, ('TRBV18*01', 'TRBV14*01'): 220.0, ('TRBV18*01', 'TRBV12-2*01'): 221.0, ('TRBV18*01', 'TRBV10-3*02'): 133.0, ('TRBV18*01', 'TRBV15*01'): 132.0, ('TRBV18*01', 'TRBV12-5*01'): 239.0, ('TRBV18*01', 'TRBV12-4*01'): 255.0, ('TRBV18*01', 'TRBV10-1*04'): 105.0, ('TRBV18*01', 'TRBV11-1*01'): 217.0, ('TRBV18*01', 'TRBV15*02'): 132.0, ('TRBV18*01', 'TRBV12-1*01'): 203.0, ('TRBV18*01', 'TRBV10-2*01'): 141.0, ('TRBV18*01', 'TRBV10-3*01'): 146.0, ('TRBV18*01', 'TRBV13*01'): 183.0, ('TRBV18*01', 'TRBV10-1*01'): 112.0, ('TRBV18*01', 'TRBV11-3*01'): 203.0, ('TRBV18*01', 'TRBV1*01'): 144.0, ('TRBV18*01', 'TRBV12-4*02'): 258.0, ('TRBV18*01', 'TRBV11-2*01'): 210.0, ('TRBV18*01', 'TRBV10-1*02'): 111.0, ('TRBV18*01', 'TRBV12-3*01'): 253.0, ('TRBV18*01', 'TRBV11-2*03'): 210.0, ('TRBV16*01', 'TRBV16*01'): 513.0, ('TRBV16*01', 'TRBV15*03'): 124.0, ('TRBV16*01', 'TRBV11-2*02'): 222.0, ('TRBV16*01', 'TRBV14*01'): 221.0, ('TRBV16*01', 'TRBV12-2*01'): 175.0, ('TRBV16*01', 'TRBV10-3*02'): 81.0, ('TRBV16*01', 'TRBV15*01'): 122.0, ('TRBV16*01', 'TRBV12-5*01'): 215.0, ('TRBV16*01', 'TRBV12-4*01'): 224.0, ('TRBV16*01', 'TRBV10-1*04'): 98.0, ('TRBV16*01', 'TRBV11-1*01'): 215.0, ('TRBV16*01', 'TRBV15*02'): 122.0, ('TRBV16*01', 'TRBV12-1*01'): 144.0, ('TRBV16*01', 'TRBV10-2*01'): 111.0, ('TRBV16*01', 'TRBV10-3*01'): 91.0, ('TRBV16*01', 'TRBV13*01'): 170.0, ('TRBV16*01', 'TRBV10-1*01'): 105.0, ('TRBV16*01', 'TRBV11-3*01'): 188.0, ('TRBV16*01', 'TRBV1*01'): 132.0, ('TRBV16*01', 'TRBV12-4*02'): 223.0, ('TRBV16*01', 'TRBV11-2*01'): 227.0, ('TRBV16*01', 'TRBV10-1*02'): 104.0, ('TRBV16*01', 'TRBV12-3*01'): 216.0, ('TRBV16*01', 'TRBV11-2*03'): 227.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV17*01'): 116.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV18*01'): 76.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV16*01'): 50.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV29-1*02'): 490.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV15*03'): 83.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV25-1*01'): 97.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV11-2*02'): 75.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV14*01'): 111.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV23-1*01'): 82.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV12-2*01'): 95.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV10-3*02'): 113.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV15*01'): 90.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV20-1*01'): 272.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV12-5*01'): 116.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV26*01'): 102.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV2*03'): 109.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV12-4*01'): 127.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV10-1*04'): 108.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV24-1*01'): 96.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV11-1*01'): 76.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV15*02'): 90.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV12-1*01'): 98.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV10-2*01'): 105.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV28*01'): 85.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV27*01'): 91.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV19*01'): 105.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV2*01'): 109.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV10-3*01'): 125.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV13*01'): 81.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV29-1*01'): 487.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV10-1*01'): 114.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV11-3*01'): 72.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV1*01'): 55.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV12-4*02'): 127.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV11-2*01'): 80.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV10-1*02'): 112.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV12-3*01'): 128.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV11-2*03'): 80.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV3-1*02'): 58.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV17*01'): 78.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV18*01'): 120.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV16*01'): 93.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV29-1*02'): 40.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV7-9*07'): 355.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV15*03'): 86.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV25-1*01'): 38.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV11-2*02'): 155.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV14*01'): 123.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV23-1*01'): 100.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV12-2*01'): 165.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV30*02'): 41.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV10-3*02'): 49.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV15*01'): 88.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV20-1*01'): 4.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV6-7*01'): 28.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV12-5*01'): 156.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV30*04'): 38.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV6-6*01'): 41.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV4-1*01'): 78.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV26*01'): 25.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV2*03'): 140.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV5-7*01'): 71.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV4-2*01'): 77.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV7-3*01'): 204.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV12-4*01'): 154.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV5-8*01'): 79.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV6-2*01'): 47.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV5-4*02'): 87.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV7-9*04'): 288.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV6-1*01'): 53.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV6-3*01'): 47.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV7-6*01'): 224.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV7-7*01'): 223.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV7-2*05'): 178.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV10-1*04'): 51.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV7-7*03'): 223.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV7-9*06'): 307.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV3-2*02'): 62.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV24-1*01'): 52.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV6-4*01'): 49.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV7-8*02'): 231.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV11-1*01'): 186.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV15*02'): 88.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV3-1*01'): 63.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV7-1*01'): 183.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV6-6*02'): 41.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV7-3*04'): 204.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV12-1*01'): 118.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV7-2*01'): 194.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV10-2*01'): 49.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV7-9*05'): 307.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV7-2*02'): 184.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV4-3*02'): 81.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV5-3*02'): 86.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV5-5*01'): 93.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV7-9*01'): 313.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV7-2*03'): 181.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV28*01'): 65.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV27*01'): 32.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV5-3*01'): 87.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV6-8*01'): 25.0, ('TRBV7-9*07', 'TRBV30*01'): 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'TRBV5-1*01'): 174.0, ('TRBV28*01', 'TRBV5-1*01'): 162.0, ('TRBV27*01', 'TRBV5-1*01'): 156.0, ('TRBV30*01', 'TRBV5-1*01'): 80.0, ('TRBV19*01', 'TRBV5-1*01'): 169.0, ('TRBV2*01', 'TRBV5-1*01'): 159.0, ('TRBV10-3*01', 'TRBV5-1*01'): 140.0, ('TRBV13*01', 'TRBV5-1*01'): 284.0, ('TRBV29-1*01', 'TRBV5-1*01'): 89.0, ('TRBV10-1*01', 'TRBV5-1*01'): 136.0, ('TRBV11-3*01', 'TRBV5-1*01'): 203.0, ('TRBV1*01', 'TRBV5-1*01'): 145.0, ('TRBV3-2*01', 'TRBV5-1*01'): 152.0, ('TRBV12-4*02', 'TRBV5-1*01'): 182.0, ('TRBV11-2*01', 'TRBV5-1*01'): 187.0, ('TRBV10-1*02', 'TRBV5-1*01'): 135.0, ('TRBV12-3*01', 'TRBV5-1*01'): 190.0, ('TRBV11-2*03', 'TRBV5-1*01'): 187.0, ('TRBV4-3*01', 'TRBV5-1*01'): 158.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV4-3*01'): 273.0, ('TRBV17*01', 'TRBV4-3*01'): 146.0, ('TRBV18*01', 'TRBV4-3*01'): 145.0, ('TRBV16*01', 'TRBV4-3*01'): 150.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV4-3*01'): 75.0, ('TRBV15*03', 'TRBV4-3*01'): 143.0, ('TRBV25-1*01', 'TRBV4-3*01'): 139.0, ('TRBV11-2*02', 'TRBV4-3*01'): 107.0, ('TRBV14*01', 'TRBV4-3*01'): 133.0, ('TRBV23-1*01', 'TRBV4-3*01'): 171.0, ('TRBV12-2*01', 'TRBV4-3*01'): 158.0, ('TRBV30*02', 'TRBV4-3*01'): 92.0, ('TRBV10-3*02', 'TRBV4-3*01'): 118.0, ('TRBV15*01', 'TRBV4-3*01'): 148.0, ('TRBV20-1*01', 'TRBV4-3*01'): 44.0, ('TRBV12-5*01', 'TRBV4-3*01'): 169.0, ('TRBV30*04', 'TRBV4-3*01'): 89.0, ('TRBV4-1*01', 'TRBV4-3*01'): 415.0, ('TRBV26*01', 'TRBV4-3*01'): 99.0, ('TRBV2*03', 'TRBV4-3*01'): 129.0, ('TRBV4-2*01', 'TRBV4-3*01'): 487.0, ('TRBV12-4*01', 'TRBV4-3*01'): 169.0, ('TRBV10-1*04', 'TRBV4-3*01'): 105.0, ('TRBV3-2*02', 'TRBV4-3*01'): 280.0, ('TRBV24-1*01', 'TRBV4-3*01'): 105.0, ('TRBV11-1*01', 'TRBV4-3*01'): 111.0, ('TRBV15*02', 'TRBV4-3*01'): 148.0, ('TRBV3-1*01', 'TRBV4-3*01'): 295.0, ('TRBV12-1*01', 'TRBV4-3*01'): 156.0, ('TRBV10-2*01', 'TRBV4-3*01'): 111.0, ('TRBV28*01', 'TRBV4-3*01'): 108.0, ('TRBV27*01', 'TRBV4-3*01'): 108.0, ('TRBV30*01', 'TRBV4-3*01'): 82.0, ('TRBV19*01', 'TRBV4-3*01'): 129.0, ('TRBV2*01', 'TRBV4-3*01'): 129.0, ('TRBV10-3*01', 'TRBV4-3*01'): 106.0, ('TRBV13*01', 'TRBV4-3*01'): 143.0, ('TRBV29-1*01', 'TRBV4-3*01'): 75.0, ('TRBV10-1*01', 'TRBV4-3*01'): 111.0, ('TRBV11-3*01', 'TRBV4-3*01'): 134.0, ('TRBV1*01', 'TRBV4-3*01'): 298.0, ('TRBV3-2*01', 'TRBV4-3*01'): 283.0, ('TRBV12-4*02', 'TRBV4-3*01'): 170.0, ('TRBV11-2*01', 'TRBV4-3*01'): 112.0, ('TRBV10-1*02', 'TRBV4-3*01'): 109.0, ('TRBV12-3*01', 'TRBV4-3*01'): 177.0, ('TRBV11-2*03', 'TRBV4-3*01'): 112.0, ('TRBV3-1*02', 'TRBV7-3*02'): 134.0, ('TRBV17*01', 'TRBV7-3*02'): 246.0, ('TRBV18*01', 'TRBV7-3*02'): 226.0, ('TRBV16*01', 'TRBV7-3*02'): 193.0, ('TRBV29-1*02', 'TRBV7-3*02'): 117.0, ('TRBV15*03', 'TRBV7-3*02'): 139.0, ('TRBV25-1*01', 'TRBV7-3*02'): 98.0, ('TRBV11-2*02', 'TRBV7-3*02'): 274.0, ('TRBV14*01', 'TRBV7-3*02'): 253.0, ('TRBV23-1*01', 'TRBV7-3*02'): 162.0, ('TRBV12-2*01', 'TRBV7-3*02'): 261.0, ('TRBV30*02', 'TRBV7-3*02'): 68.0, ('TRBV10-3*02', 'TRBV7-3*02'): 121.0, ('TRBV15*01', 'TRBV7-3*02'): 143.0, ('TRBV20-1*01', 'TRBV7-3*02'): 95.0, ('TRBV6-7*01', 'TRBV7-3*02'): 112.0, ('TRBV12-5*01', 'TRBV7-3*02'): 273.0, ('TRBV30*04', 'TRBV7-3*02'): 59.0, ('TRBV6-6*01', 'TRBV7-3*02'): 129.0, ('TRBV4-1*01', 'TRBV7-3*02'): 113.0, ('TRBV26*01', 'TRBV7-3*02'): 118.0, ('TRBV2*03', 'TRBV7-3*02'): 217.0, ('TRBV5-7*01', 'TRBV7-3*02'): 174.0, ('TRBV4-2*01', 'TRBV7-3*02'): 113.0, ('TRBV7-3*01', 'TRBV7-3*02'): 473.0, ('TRBV12-4*01', 'TRBV7-3*02'): 277.0, ('TRBV5-8*01', 'TRBV7-3*02'): 183.0, ('TRBV6-2*01', 'TRBV7-3*02'): 118.0, ('TRBV5-4*02', 'TRBV7-3*02'): 163.0, ('TRBV6-1*01', 'TRBV7-3*02'): 128.0, ('TRBV6-3*01', 'TRBV7-3*02'): 118.0, ('TRBV7-2*05', 'TRBV7-3*02'): 384.0, ('TRBV10-1*04', 'TRBV7-3*02'): 116.0, ('TRBV3-2*02', 'TRBV7-3*02'): 119.0, ('TRBV24-1*01', 'TRBV7-3*02'): 123.0, ('TRBV6-4*01', 'TRBV7-3*02'): 122.0, ('TRBV11-1*01', 'TRBV7-3*02'): 290.0, ('TRBV15*02', 'TRBV7-3*02'): 143.0, ('TRBV3-1*01', 'TRBV7-3*02'): 124.0, ('TRBV7-1*01', 'TRBV7-3*02'): 354.0, ('TRBV6-6*02', 'TRBV7-3*02'): 128.0, ('TRBV12-1*01', 'TRBV7-3*02'): 223.0, ('TRBV7-2*01', 'TRBV7-3*02'): 403.0, ('TRBV10-2*01', 'TRBV7-3*02'): 144.0, ('TRBV7-2*02', 'TRBV7-3*02'): 390.0, ('TRBV4-3*02', 'TRBV7-3*02'): 125.0, ('TRBV5-3*02', 'TRBV7-3*02'): 182.0, ('TRBV5-5*01', 'TRBV7-3*02'): 188.0, ('TRBV7-2*03', 'TRBV7-3*02'): 368.0, ('TRBV28*01', 'TRBV7-3*02'): 84.0, ('TRBV27*01', 'TRBV7-3*02'): 92.0, ('TRBV5-3*01', 'TRBV7-3*02'): 183.0, ('TRBV6-8*01', 'TRBV7-3*02'): 106.0, ('TRBV30*01', 'TRBV7-3*02'): 79.0, ('TRBV6-5*01', 'TRBV7-3*02'): 115.0, ('TRBV19*01', 'TRBV7-3*02'): 116.0, ('TRBV2*01', 'TRBV7-3*02'): 217.0, ('TRBV10-3*01', 'TRBV7-3*02'): 132.0, ('TRBV13*01', 'TRBV7-3*02'): 178.0, ('TRBV29-1*01', 'TRBV7-3*02'): 121.0, ('TRBV10-1*01', 'TRBV7-3*02'): 122.0, ('TRBV5-6*01', 'TRBV7-3*02'): 180.0, ('TRBV11-3*01', 'TRBV7-3*02'): 279.0, ('TRBV6-9*01', 'TRBV7-3*02'): 113.0, ('TRBV1*01', 'TRBV7-3*02'): 118.0, ('TRBV3-2*01', 'TRBV7-3*02'): 122.0, ('TRBV12-4*02', 'TRBV7-3*02'): 274.0, ('TRBV11-2*01', 'TRBV7-3*02'): 279.0, ('TRBV10-1*02', 'TRBV7-3*02'): 122.0, ('TRBV12-3*01', 'TRBV7-3*02'): 281.0, ('TRBV5-4*01', 'TRBV7-3*02'): 164.0, ('TRBV11-2*03', 'TRBV7-3*02'): 279.0, ('TRBV5-1*01', 'TRBV7-3*02'): 171.0, ('TRBV4-3*01', 'TRBV7-3*02'): 112.0}
0.0
-115.0

New API: GermlineAligner.from_library (multi-locus)

Builds all pairwise V/J distances in one call; distances accessed via gene_dist(locus, g1, g2).

# Build multi-locus aligner — computes all pairwise TRB V/J distances at construction time
ga_lib = GermlineAligner.from_library(lib, loci=['TRB'])
print(f'_locus_dist entries: {len(ga_lib._locus_dist)}')

# Self-distance is always 0
print('self-dist TRBV10-1*01:', ga_lib.gene_dist('TRB', 'TRBV10-1*01', 'TRBV10-1*01'))

# Pairwise distance (symmetric)
d12 = ga_lib.gene_dist('TRB', 'TRBV10-1*01', 'TRBV10-2*01')
d21 = ga_lib.gene_dist('TRB', 'TRBV10-2*01', 'TRBV10-1*01')
print(f'TRBV10-1 vs TRBV10-2: {d12:.1f}  (reverse: {d21:.1f})')

_locus_dist entries: 8146
self-dist TRBV10-1*01: 0.0
TRBV10-1 vs TRBV10-2: 227.0  (reverse: 227.0)

# Build a distance matrix for TRB V genes using from_library
v_genes = sorted(set(a for (locus, a, _) in ga_lib._locus_dist if locus == 'TRB' and a.startswith('TRBV')))
import pandas as pd
import numpy as np

# Pivot into a matrix for visualization
rows = []
for g1 in v_genes:
    for g2 in v_genes:
        rows.append((g1, g2, ga_lib.gene_dist('TRB', g1, g2)))
df_lib = pd.DataFrame(rows, columns=['Gene1', 'Gene2', 'Dist'])
df_pivot = df_lib.pivot(index='Gene1', columns='Gene2', values='Dist')
print(f'Distance matrix shape: {df_pivot.shape}')
print(df_pivot.iloc[:5, :5])

Distance matrix shape: (89, 89)
Gene2        TRBV1*01  TRBV10-1*01  TRBV10-1*02  TRBV10-1*04  TRBV10-2*01
Gene1
TRBV1*01          0.0        828.0        835.0        835.0        771.0
TRBV10-1*01     828.0          0.0         13.0         27.0        227.0
TRBV10-1*02     835.0         13.0          0.0         14.0        232.0
TRBV10-1*04     835.0         27.0         14.0          0.0        246.0
TRBV10-2*01     771.0        227.0        232.0        246.0          0.0

# Clustermap of germline distances (from_library API)
import re
df_sfam2 = pd.DataFrame([(g, re.split('[-\\*]', g)[0]) for g in v_genes],
                        columns=['Gene', 'Fam'])
codes2, uniques2 = pd.factorize(df_sfam2['Fam'])
palette2 = dict(zip(uniques2, sns.color_palette(None, len(uniques2)).as_hex()))
df_sfam2['Col'] = df_sfam2['Fam'].map(palette2)
cols2 = dict(df_sfam2[['Gene', 'Col']].itertuples(index=False))

sns.clustermap(df_pivot, cmap='mako',
               row_colors=df_pivot.index.map(cols2),
               col_colors=df_pivot.index.map(cols2),
               figsize=(14, 12))

/Users/mikesh/vcs/mirpy/.venv/lib/python3.12/site-packages/seaborn/matrix.py:530: ClusterWarning: The symmetric non-negative hollow observation matrix looks suspiciously like an uncondensed distance matrix
  linkage = hierarchy.linkage(self.array, method=self.method,
/Users/mikesh/vcs/mirpy/.venv/lib/python3.12/site-packages/seaborn/matrix.py:530: ClusterWarning: The symmetric non-negative hollow observation matrix looks suspiciously like an uncondensed distance matrix
  linkage = hierarchy.linkage(self.array, method=self.method,

<seaborn.matrix.ClusterGrid at 0x14d03d370>

df = pd.DataFrame([(g1, g2, s, galn.score_norm(g1, g2)) for ((g1, g2), s) in galn.dist.items()],
                  columns=['Segm1', 'Segm2', 'Score', 'Score_norm'])
print(df)

            Segm1        Segm2  Score  Score_norm
0      TRBV3-1*02   TRBV3-1*02  503.0         0.0
1      TRBV3-1*02    TRBV17*01  151.0      -354.0
2      TRBV3-1*02    TRBV18*01  163.0      -348.0
3      TRBV3-1*02    TRBV16*01  168.0      -345.0
4      TRBV3-1*02  TRBV29-1*02   84.0      -419.0
...           ...          ...    ...         ...
7916  TRBV12-3*01   TRBV7-3*02  281.0      -226.0
7917   TRBV5-4*01   TRBV7-3*02  164.0      -341.0
7918  TRBV11-2*03   TRBV7-3*02  279.0      -220.0
7919   TRBV5-1*01   TRBV7-3*02  171.0      -328.0
7920   TRBV4-3*01   TRBV7-3*02  112.0      -394.0

[7921 rows x 4 columns]

df_sfam = pd.DataFrame([(g, re.split('[-\\*]', g)[0]) for (g, s) in seqs],
                       columns=['Segm', 'Fam'])

codes, uniques = pd.factorize(df_sfam['Fam'])
palette = zip(uniques, sns.color_palette(None, len(uniques)).as_hex())
df_sfam = df_sfam.merge(pd.DataFrame(palette, columns=['Fam', 'Col']))
cols = dict(df_sfam[['Segm', 'Col']].itertuples(index=False))

df1 = df.pivot(index='Segm1', columns='Segm2', values='Score')
sns.clustermap(df1, cmap='mako',
               row_colors=df1.index.map(cols),
               col_colors=df1.index.map(cols))

<seaborn.matrix.ClusterGrid at 0x14dc2d790>

df2 = df.pivot(index='Segm1', columns='Segm2', values='Score_norm')
sns.clustermap(exp(df2/300), cmap='mako',
               row_colors=df2.index.map(cols),
               col_colors=df2.index.map(cols),
               xticklabels=True,
               yticklabels=True)

<seaborn.matrix.ClusterGrid at 0x13ddcec60>